Операційний мікроскоп став невід’ємною частиною сучасної стоматології. Він дозволяє в процесі діагностики в усіх деталях вивчити стан ротової порожнини (каналів зубів, м'яких тканин, пломб, протезних конструкцій, а також діагностувати карієс та інші стоматологічні захворювання на початковій стадії) чого не дають інші методи діагностики. Найчастіше мікроскоп використовується при ендодонтичному лікуванні (лікування кореневих каналів зуба). Лікар-ендодонтист з використанням збільшення може якісно провести медикаментозну та інструментальну обробку кореневих каналів, а також їх обтурацію. Використання мікроскопа в ендодонтії значно збільшує відсоток успішності лікування кореневих каналів.